образы ядра и образу rootfs у вас там есть, осталось разобраться, как это объединить в прошивку, ищите в доках =)
u-boot - это загрузчик для линуха. войти в его командный интерфейс можно через сериал порт, если он у вас есть.
если вы в процессе использования технологий разгласили коммерческую тайну конкурентам - могут подать в суд. но вы и бумажку соответствующую должны подписать. если ничего не подписывали - "на нет и суда нет".
не так давно были оптимальные по цене SIM900, сейчас вроде выпустили более новые модули SIM800. производитель simcom. правда я уже пару лет ими не занимался, поэтому инфа немного устаревшая.
если не хотите ФС - дублируйте сектора, ставьте им счетчики записи и CRC. если не сошелся CRC - берем другой сектор, если оба валидные - берем тот у которого счетчик больше.
Если надо часто писать какие-то настройки - советую задуматься о внешней FRAM
написать документацию, нарисовать диаграммы.
после этой проведенной работы можно переписывать на любой язык =)
но, как мне кажется, проще будет исправить ошибки.