Андрюха, MySQL - устарел, дальнейшее его использование сулит проблемы с поддержкой.
Если вы посмотрите Краткий обзор, он раскажет обо всем, например, основные полезные функции MySQLi в отличии от MySQL:
Объектно-ориентированный интерфейс
поддержка подготовленных операторов
поддержка нескольких операторов
поддержка транзакций
расширенные возможности отладки
поддержка встроенного сервера.
MySQLi пока еще держится поэтому в ответе есть хотя бы в пользу mysqli. Вообще можно тут же поискать по тегам, например, mysql или mysqli или pdo
Дополню. Запуск вин прог на линуксе, само не особо стабильное явление, Wine реализует только часть win api, а установка виртуальной машинки, в рамках текущей задачи, глупо.