Не возьмусь объяснить преобразование Фурье (ПФ) лучше приведенной статьи на Хабре.
Есть некая интуиция. Простая скучная идеальная синусоида после ПФ это всего один пик, на значении её частоты. На старых аналоговых синтезаторах звук делался ползунками, задающими гармоники. Помимо основной синусоиды, добавлялись другие гармоники. Скажем, на октаву выше (послабее основного тона), на две октавы выше (еще слабее). Это меняет тембр звука и форму волны. «На октаву выше» – после ПФ это ещё один пик, с частотой вдвое выше основной. «На две октавы» - в 4 раза бОльшей частотой. Ползунки в таком синтезаторе буквально двигают величину этих пиков в графике после ПФ.
Преобразование Фурье волшебным образом из поступающего сигнала создаёт «рисунок ползунков» синтезатора для создания точно такого же звука.
Теперь к гитаре. Если одну открытую струну аккуратно мягко несильно дернуть в районе 12-го лада, будет преобладать её основной тон. Обертона тоже обнаружатся, именно их наличие составляет отличие звука струны гитары от скучной синусоиды синтезатора. Эффекты перегруза значительно меняют спектр, делая из примерно-синусоиды почти прямоугольную волну.
Из одно-двух-канальной записи гитарного аккорда однозначно определить ноту каждой струны не получится. Хотя бы потому, что одну ноту можно получить несколькими способами на разных струнах. Если гитара обработана перегрузом, интервалы могут сливаться в новые частоты. Например рифф в начале
Skindred - Babylon (первое, что пришло в голову)
Line6 выпускает
гитары, где датчики снимают индивидуально каждую струну. Это позволяет налету переключать строй гитары: из стандартного EBGDAE в dropped-D EBGDAD и другие. Сигнал каждой струны индивидуально перестраивается на нужный интервал перед дальнейшей обработкой.