$files = array_map('basename', glob($imagesFolder . "*.webp"));
дальше перед удалением просто вывел бы
$filesInDatabase и $files
print_r или var_dump
и проверил есть ли вообще схождения
глазами так сказать глянул.
как проверить пользователя под которым запущен веб сервер?