То что утилизация диска низкая никак не отражает его производительность. HDD имеют только последовательную запись и не могут выдавать хоть какую-то вменяемую производительность сегодня. SDD позволяют производить параллельные операции записи по всему диску, а HDD упираются во множество параметров, так что тут не спасёт ни отсутствие индексов, ни нулевой трафик к базе. Максимум что можно сравнить - конфигуратор двух баз на предмет буфера, но не более