БД и СУБД к ним как раз для такого и были разработаны - чтобы хранить данные. Вы не поверите, но данные они тоже хранят в файлах на жёстком диске. Зачем изобретать велосипед, когда есть уже готовый инструмент. Используйте СУБД и не заморачивайтесь по поводу нагрузки. Она будет в разы меньше, чем если вы будете городить всё в один файл напрямую.
