Рабочее окружение каждый настраивает под себя сам, как ему удобно. Тут никаких готовых рецептов нет, да и никакой сложной науки тоже. Я вот пользуюсь PyCharm с плагином IdeaVim. Лучше PyCharm IDE для Python нет. Возможно, что для новичка это излишне впрочем, но когда работаешь на результат, а не учишься, то PyCharm позволяет экономить массу времени.
Новичку стоит изучить, например, vim, и редактировать файлы первое время в нем. Почему vim - потому что он удобен, когда умеешь в нем работать, не вызывает туннельный синдром запястья (после перехода с Emacs на vim забыл о боли в запястьях), и есть на каждом Unix/Linux сервере.
Ответить что читать очень сложно, поскольку вопрос очень расплывчатый, и исходные данные неясны (новичок вы или опытный пользователь, например). Dive Into Python прочитали?
wsgi, gunicorn и т.п. нужны потому что Nginx и Apache - серверы, предназначенные прежде всего для отдачи статических файлов: html, css, картинки. Ничего о Python они не знают и вызывать Python скрипты не умеют (точнее Apache умеет с mod_python, но сейчас мало кто этим пользуется).