На ум походит только агрегация с $unwind, но $unwind догорая операция
pipeline = [
{$unwind: "$linkRole"},
{$group: {
_id: {
d_id: "$_id",
role: "$linkRole.role",
Organization: "$linkRole.Organization"
},
count: {$sum: 1}
}},
{$match:{count: {$gt: 1}}}
]
db.users.aggregate(pipeline).forEach(a => {
user = db.users.findOne({_id: a._id.d_id});
for (let i = 1; i < a.count; i++) {
user.linkRole.splice(
user.linkRole.findIndex(lr => lr.role === a._id.role && lr.Organization === a._id.Organization),
1
)
}
db.users.save(user)
})
В ответ получите документы в поле docs которых будут _id с одинаковыми linkRole и удалить их уже в клиентском коде
