Раз килобайты на 1000/1024 байта вы учли, то на всякий случай начните с проверки наличия удалённых файлов: lsof | grep deleted.
Затем посмотрите tune2fs -l – это параметры файловой системы.
В Линуксе на ext* выделяется 5% на резервирование в каждом разделе под нужды root'а. Никто, кроме него туда писать не может. Отображается в строке Reserved block count.
Изменить можно командой tune2fs -m №, где № – новое кол-во процентов (2, 3, и т.п.), но лучше понимать для чего вы это делаете.
Ну и обычно наиболее заметный оверхед возникает из-за таблиц inode'ов. Он зависит от их количества. По умолчанию на каждые 128 МБ используется 2 МБ айнод (8192 x 256 байт каждая), т.е. примерно 1.5-1.6%, что похоже на указанные вами цифры.
