Daria Motorina

Перегрузки методов в php нет. Лучше продумать правильно архитектуру, чтобы набор аргументов был стабильным на уровне абстрактного класса/интерфейса, чем передавать методу переменное количество аргументов и искать потом причины багов и повод для рефакторинга. Также переменное количество аргументов дает соблазн давать методу лишние полномочия, размазывая его первоначальное предназначение.
На уровне конструктора класса можно через dependency injection передать классы для логгирования, вывода инфы в консоль, тогда в методе run их не нужно передавать, но можно использовать внутри метода.

if(!preg_match("/^[0-9-\.]_{0,32}$/",$data)) exit("Hack detected!!!");

Нужно просто заэкранировать точку

Первый вариант не годится.
Второй случай - не совсем понятно, зачем вам два форыча - первые посты вы захотите вывести при отображении списка топиков (как я понимаю), второй раз выведите все посты, связанные с топиком, но тут main 1|0 уже не играет роли. Т.е. на одну задачу вам нужно один раз вытягивать посты, просто по разным критериям.
Основной пост для топика можно определять по дате создания (первый при сортировке по дате) и кешировать (чтобы не расходовать ресурсы на поиск первого поста каждый раз), чтобы не использовать доп. колонку для флага.
На уровне бизнес-логики (php-кода) надо запретить удалять первый пост.

1) Приведите код к стандарту PSR-1 (отступы, именование функций и переменных).
2) Дайте осмысленные названия всем переменным, сейчас InArray_(), $th, $string и другие переменные могут быть понятны, если сесть и пошагово дебажить каждую строчку на реальных данных - это неправильно для дальнейшей поддержки кода. Если что-то тяжело переименовать - это сразу повод задуматься - правильно ли построен алгоритм решения задачи)
3) Мелочь, но не делайте так)
$r = ",".$r.",";
Если есть двойные кавычки в строке, то переменную можно писать внутри строки, профита от конкатенации нет.
UPD. Без этих исправлений сложно что-то говорить об эффективности решения

Из отслеживания Вы удалили, но надо еще в .gitignore закинуть путь к файлу two.txt, потом git add не будет видеть этот файл, а будет видеть обновленный .gitignore, который нужно закоммитить

Пишете фронтенд для отображения списка файлов и папок; пишете бекенд на основе api яндекс диска, ищете в sdk на php методы для получения папок и списков файлов в них

Причин может быть масса.
Включите вывод ошибок и устраните их.
Проверьте, что все данные приходят в обработчик и формируются правильно для отправки.
Велика вероятность, что почта нормально не настроена на сервере и принимающий сервер будет блокировать письма, поэтому лучше сразу переписать отправку из функции mail() на PHPMailer.

Условные таблицы и их поля:
users: id,username
files: id, user_owner_id, filename, path
file_accesses: file_id, user_id, share_url, permission_level

Владелец у файла должен быть всегда, а доп.доступы могут быть, могут не быть (таблица file_accesses). Когда хотите расшарить - генерите ссылку share_url для file_id, задаете права доступа (permission_level), указываете, кому в системе расшарить - вот строка в базе для идентификации прав к файлам у не-владельца. Уровни прав доступа пишете уже на уровне бекенда