Для начала, var App = {}; — это не модуль, а переменная (да еще с неправильным типом названия). Модули — это
CommonJS или
AMD. Если действительно разнести код по модулям, то уже станет проще с ним управляться.
Что до навешивания событий — эту проблему очень изящно решили в
Backbone, скопипастить оттуда имплементацию дело пяти минут.