На большом проекте с motools при редактировании *.js подвисает до минуты.
Попытался отключить валидацию для этого проекта — не скажу, чтобы помогло.
В принципе, можно при создании отказаться от поддержки js, но вдруг есть лекарства?
p.s.
OS — Debian Wheezy
Eclipse — Indigo Version: 3.7.2
intel core5 2,7Hz
RAM 16 Gb
Работал с eclipse потом перешел на aptana+pydev, после перехода на pycharm || phpstorm наконец то ide взлетела. Pycharm умеет не прегружая систему аккуратно анализировать содержание файла. Aptana и eclipse почему даже на не сильно больших в районе 1000 строчек js файлах и не только начинала просто съедать все скромные ресурсы.