Проблема такая, что линукс на телефоне не грузится через init.d.
Вам придется собрать свой образ ОС для телефона и подменить его через рекавери, например (сильно зависит от телефона).
И проблема два - для управления периферией нужны блобы от производителя телефона, из которых в ядро может быть как раз зашит разве что /dev/led, а все остальное - это как раз куски, которые можно вызвать только через java.
Вердикт - для разработки чего-то реального на андроид, что не потребует от юзера рутовать телефон и менять на нем прошивку, такой способ не годится.
Для фана - велкам, но долбаться придется знатно.
Начать можно с попыток просто запустить линукс на том же ядре, что и андроид - для этого нужен рутованный телефон и
вот это