Контейнеры данных
Они не нужны, используйте named volumes вместо этого (с версии 1.9 докера).
Исходный код и локальные npm-модули (или лучше это в предыдущий контейнер, и при старте выполнять
Нет, npm install надо выполнять ДО сборки образа. Когда контейнер стартует - внутри у него уже все должно быть. Опять же я лично против того, что бы выносить исходники проекта в отдельный контейнер-пустышку. У вас есть контейнер с нодой - исходники для ноды должны быть там. Есть некоторые нюансы связанные со сборкой контейнера но это так.
На файловой системе хоста
Ничего.
Логи прокидываются в stdout/stderr контейнера и собираются на хосте через докер любым подходящим драйвером (читаем документацию).
Конфигурация - все что в конфигах от окружения к окружению меняется - в ENV переменные. Все остальное - не меняется и потому просто вшито внутрь контейнера.
