Атласы они, а не полотна. Группировать их нужно по использованию. Если у вас в локации используются 10 спрайтов и все они лежат в разных атласах, то все эти атласы будут вынуждены загрузиться в память. Поэтому выгодно хранить вместе те спрайты, которые вместе используются. Нет даже ни чего плохого, если один и тот же спрайт лежит в нескольких атласах.