Нет, это так не будет работать. Сохранение состояния игры - это именно сохранение некой модели данных, описывающей изменённый мир, а не изменения дизайна в сцене. Вы запоминаете какие объекты передвинулись, разрушились и т.д. и именно это сохраняете. При загрузке сцены расставляете их в соответствии с сохранённым описанием.