В Yii вся работа с базой идет через экземпляр класса CDbConnection. Вам нужно подсовывать коннекшн к нужно вам базе везде, где это вам необходимо. Как именно это сделать - зависит от специфики разрабатываемого вами приложения. Если у вас например гарантированно в рамках одного http-запроса можно определить, к какой компании относится текущий пользователь, и вы уверены, что в рамках этого http-запроса вам не понадобится никакой бд кроме бд его компании, то можете сделать "динамическую" конфигурацию компонента db в конфиге приложения.
