Это вопрос не к API Карт, а к браузеру (в смысле, точно такая же проблема возникнет, если вы захотите отличать клик от двойного клика на обычном DOM элементе). Ничего более умного, чем ждать n миллисекунд второй клик, в этом месте не придумано, к сожалению.
