То есть вы серьёзно предполагаете, что в поддержке Яндекса работают телепаты, которые не описанную ранее проблему определят экстрасенсорно?
Соберите пример, на котором можно увидеть проблему, пожалуйста.
Выставляя опцию «clusterIconContentLayout: clusterTemplate» вы заменили макет *контента* кластера (который по умолчанию — просто цифра). Теперь у вас контент кластера — метка с цифрой.
Я бы в этой ситуации предложил в контент балуна класть «рыбу» со спиннером / сообщением «идёт загрузка», а реальные данные подгружать по событию balloonOpen и изменению значения activeObject для кластеров.
