Основные правила такие:
1. Перед началом работы делаете новую ветку, на этап работ, допустим на спринт в 2 недели
2. В спринте есть задачи, каждая выполненная задача это коммит, автоматическое закрытие задачи решается добавлением идентификатора в коммит
https://help.github.com/en/github/managing-your-wo...
3. изучите команды amend, blame, status
4. В гите создаете задачи на доске проекта, при коммите они меняют статус в соответствии с п. 2
5. Все документировано и не вызывает вопросов.
Пс данная методика работает не только в github, но и в других системах.