Это делается для экономии. Флешка стоит на порядок дешевле, чем два диска плюс рейд контроллер, особенно если сервер брендовый. У IBM в конфигураторе можно выбрать флешку специально для vSphere, поэтому насчет нештатности это вопрос.
Для серверов со своими винтами смысла ставить ESXi на флешку наверное нет. У нас на 4 серверах уже год как vSphere стоит на флешке. Все замечательно. В запасе лежит пара флешек с установленным гипервизором, и в случае выхода из строя флешки на одном из серверов всё восстанавливается в течение 10 минут.
PS: Без рейд-контроллера сервер загружается секунд на 15 быстрее :)