Лучшее решение для вас будет то к чему вы привыкнете. Серьезно, не тратьте время на поиск идеальных инструментов, проищите полжизни. Обозначьте цели, если хотите нарисуйте простую схему по типу "я хочу получить то-то и то" и подберите хорошее решение под эти задачи.
Выработаете методику потом будет виднее как её изменять. Непример, я веду список проектов в виде mindmap онлайн ветвистая структура упорядочивает все хорошо, а список задач в todoist.
Самые оперативные задачи записываю просто на бумажку и вычеркиваю. Не особо логичная система, но работает.
Хочу на GTD переползти.