Вы уверены, что таймер не округляет интервал, до кратности какому-то числу мс? Также, гарантирует ли флеш, что таймер будет вызван ровно 60 раз и через равные промежутки?
Также, синхронизируется ли перерисовка картинки флешем с разверткой монитора?
Попробуйте в начале каждого кадра получать показания часов и проверьте, равномерно ли вызвыается ваш код. Я подозреваю, что неравномерно. Также, почему вы используете таймер, а не событие входа в кадр? Может, флеш перерисовывает объекты не сразу, а когда начинается следующий кадр?
И вообще, это обязательно, каждый кадр передвигать и перерисовывать все объекты? Особенно те, которые невидимы? Может, можно сделать их классическими объектами, привязать к прямоугольнику и двигать только его, этот прямоугольник? Вы точно флешер?