Гарантирует ли Windows целостность записываемых файлов ?
Нет.
Вернулись, скажем, сотрудники из командировки из США. Там им подарили флэшки с технической информацией (PDF и JPG). Флэшки - рекламные (самые хреновые и дешевые). Здесь скопировали одну флэшку на сервер (всё прочиталось) - примерно половина файлов битые: PDFы не открываются либо открываются первые страницы, остальные - чистые, JPGи показывают верх фото, потом всё черное... Хорошо, вторая флэшка оказалась живой. Вот вам реальный пример, что будет, если писать на хреновую флэшку критичную информацию в единственном экземпляре.