Используйте LEFT JOIN.
Для начала я бы посоветовал Вам построить SELECT запрос чтобы убедится, что выбираются действительно те данные, которые вы хотите удалить. И после этого заменить SELECT на DELETE.
Создайте в sql fiddle тестовую базу с вашими таблицами и текущим запросом, который не верно отрабатывает. Попробую помочь. Из того что вы описали сложно попробовать построить запрос.
Локальная БД у разработчика — на нее изменения сам разработчик накатывает руками, а другие разработчики с помощью миграций.
БД на общем дев-сервере (если таковой есть) на который изменения накатываются миграциями
БД на продакт сервере — также накатываются миграции из master ветки.
Вам останется выбрать только удобный вам способ управления миграциями. Во многих фреймворках есть встроенные средства для миграций.
Стоят ли у вас индексы на таблицах?
Sphinx это поисковой движок, при коротком времени обновления индекса у вас будет свежая инфа в индексе.
Но мне кажется вы что-то делаете не так:
Зачем собственно выводить данные из индекс sphinx, а не напрямую из бд? Если проблема только в скорости значит у вас проблемы с запросами. Необходимо проанализировать запросы через EXPALIN и проверить наличие и использование индексов.
Вроде таким образом в лог фиксируются записи, о перезапуске процессов php-fpm, их висит несколько и они по таймауту перезапускаются.
А помечаются как notice, потому что в php-fpm.conf по дефолту указано:
; Log level
; Possible Values: alert, error, warning, notice, debug
; Default Value: notice
;log_level = notice
