Вопрос в том, что после парсинга файла, обновленные данные отправляются во временную таблицу №1. Их необходимо сравнить с данными в рабочей таблице и удалить товары, которых нет во временной таблице. Подскажите, пожалуйста, как реализовать этот запрос?
Используйте LEFT JOIN.
Для начала я бы посоветовал Вам построить SELECT запрос чтобы убедится, что выбираются действительно те данные, которые вы хотите удалить. И после этого заменить SELECT на DELETE.