1) ну ессно, прямо топ города уже можно не обращать - и гугл и яндекс берут координаты из браузеров, но будет лучше если на сайт ходят только из региона
2) лучше вообще отдельными сайтами, папки массу типа сохраняют но сильно мешают поисковикам в привязке к региону (как впрочем и поддомены нерегиональные) + если не поддоменами, получите гемор в разделе "контакты" и прочих общих для сайта, а если накопируете - получите кучу доп страниц в общем тут двояко и надо эксперименты