способ борьбы - правильное проектирование
сам PyMySQL честно делает свою работу, проблемы там от Мускуля и, может, чуточку реализации драйвера
гугли что-то вроде
Lock Wait Timeout Exceeded
там будут настройки навроде transaction isolation , но все равно писать параллельно в одну таблицу идея плохая