Я понимаю что вы начинающий программист
Как вариант, разбирать JSON сразу в базе, например https://www.postgresql.org/docs/9.3/functions-json.html
Лучше признать сейчас что облажались и переделать, чем заниматься этим через полгода когда данных будет ещё больше.
Наблюдается противоречие.
вам на самом деле нужна документная база (та же MongoDB, например)
Переделать схему базы
я проверил пути файлов в HTML, и там было как-то так: href="./index_files/a50e5192482c.css"
Не совсем так. По средствам Postgresql и laravel (php по сути) делаем выборку из +100к данных. А после, в цикле, начинается парсинг JSON поля и подсчитывание из него различных данных с дальнейшем отображении на сайте в виде дерева. Из-за этого такая структура.