не сообщал о проблемах в процессе обновленияЯ не совсем про это имел ввиду. Часто, при обновлении движка, меняются какие-то параметры, методы и html. Возможно, что-то из этого (или ещё чего-то другого) поменялось и всё "полетело". Нужно смотреть документацию по обновлению.
Если проект большойНа данный момент он ещё только начал разрабатываться и сказать точные "размеры" пока что невозможно. Планируется как минимум: сайт+форум и 1 игровой сервер.
есть смысл разделить не на две, а на 4+
Выбор БД - или то что вам знакомо, или то, что вы хотите изучить-поиграться, или, если упираетесь в производительность - по тестам