Если я не ошибаюсь, то у вас $(this) указывает на событие клика, а не на элемент, по которому кликнули, попробуйте так:
$('.carousel-indicators li').each(function(){
var li=$(this);
li.on("click", function () {
$('.carousel-indicators li.active').removeClass("active");
li.addClass("active");
});
});