В /etc/incron.allow root прописали?
И рекомендую посмотреть в сторону
iwatch, возможности гораздо шире. Пример моего конфига:
<?xml version="1.0" ?>
<!DOCTYPE config SYSTEM "/etc/iwatch/iwatch.dtd" >
<config>
<guard email="root@localhost" name="root"></guard>
<watchlist>
<title>Only Test</title>
<contactpoint email="root@localhost" name="root"></contactpoint>
<path type="recursive" exec="/var/www/mysite/data/sh/file_change.sh %f %e" filter="\.(php|css|js)$">/var/www/mysite/data/www/mysite.ru</path>
</watchlist>
</config>
