d_v_c

1) Зависит от проекта. Есть 2 большие группы студий: первые делают "шаблонные" сайты и cms используют всегда.
Вторые делают более сложные/нагруженные вещи - и там как правило используется фреймворк, зачастую свой собственный.
Отдельной группой стоят битриксоиды - они вставляют свой битрикс всюду, и пофиг что он начинает падать уже на смешных нагрузках. Зато энтерпрайзненько, сертификаты есть, клиентам нравится пока падать не начнет)

2) Если клиент не собирается развивать бекенд самостоятельно - ему по большому счету все равно на стек технологий, хотелки как максимум идут на уровне "где то слышал", бороться с этим легко.
Если ситуация иная, у клиента есть команда которая после Вас подхватит проект и есть претензии к Вашему стеку - с вероятностью процентов 90 это просто не Ваш клиент.

3) Никакого rocket science тут нет.
Общая цепочка всего проекта:
сбор функциональных требований > проектирование ux > дизайн > верстка > проектирование db > программирование backend.
С последними двумя пунктами, при наличии утвержденного дизайна, справится (так или иначе) любой человек называющий себя backend программистом.

По мере роста сложности проектов и разрастанию команды, Вам понадобятся лиды что бы контролировать качество кода разработчиков и архитектуру, QA что бы тестировать то что получилось, менеджеры что бы управлять потоком задач, ну и тех директор что бы выстроил весь этот процесс ;-)

По факту же, многие студий выстраиванием такого процесса не заморачиваются(он дорогой реально), а просто отдают готовую верстку разработчикам со словами "собери что бы работало". Серьезные проекты так не соберешь, а стандартные корпоративные сайтики, магазины итд - легко

1) передавать что либо в запрос без экранирования считается небезопасным.
2) в вашем случае вы прописываете as article, очевидно что и в where нужно его использовать

$query = " SELECT article.*,
(SELECT COUNT(*) FROM comments WHERE comments.note_id = article.title_url AND comments.lang = '$lang') AS comments_count
FROM $table AS article
WHERE article.lang = '$lang'";

$_SERVER['HTTP_REFERER']
но не 100%

1000 запросов в параллели - это реально не мало.
Может упасть и по памяти, и провиснуть по трафику (если не dedicated сервер), и по быстродействию, и по антиддос.
Нюансов много, тестируйте.

Я бы пересмотрел архитектуру либо в сторону минимизации запросов (если это возможно вообще), либо в сторону введения очередей.

Профильное ВО в IT полезно в 2х случаях:
1) Вы занимаетесь enterprise разработкой: крупные интеграторы, банки, нефтянка, итд. Они любят всяко-разные сертификаты.
2) Вы задались целью эммигрировать (usa, европа, etc)

Во всех остальных случаях всем глубоко плевать какое у Вас образование и есть ли оно вообще.
Важны навыки и портфолио как их заочное подтверждение.

Нанять программиста, переписать код авторизации/регистрации в Question2Answer что бы он использовал базу LiveStreet. Возможно придется дописать код регистрации в LiveStreet если каких то данных критических для Question2Answer в нем не хватает.

По запросу whatsapp на гитхабе вылазит огромная пачка репозиториев реализующих протокол.
Некоторые из них даже работают.

PS Если есть возможность сменить мессенджер на телеграм - категорически рекомендую.
С новым bot api реализация занимает 5 минут ровно.

Imho Вы путаете теплое с мягким. Phalcon это фреймворк.
Если вы хотите что бы из коробки было 1,2,3 - то Вам нужен не фреймворк а cms.