1. То что настраивается в инфоблоке не имеет ни какого отношения к компоненту вывода bitrix:news, ЧПУ надо настраивать в выводе компонента bitrix:news.
2. Нет ни какой необходимости вручную править файл urlrewrite.php в рамках штатного функционала Битрикс, правила в urlrewrite.php создаются автоматически при активированной функции ЧПУ в момент нажатия кнопки "Сохранить" в настройках компонента.
3. The requested URL was not found on this server означает что не правильно настроена маршрутизация(RewriteEngine) на уровне сервера, и проблема скорее всего в файле .htaccess. В противном случае вам бы выдало содержимое 404 при некорректной настройке ЧПУ в Битрикс.
Более ни чего подсказать не могу ибо у вас многосайтовость, а там есть нюансы, ещё возможно вам поможет
эта статья в документации Битрикс, там есть дефолтное содержимое файла .htaccess