Ничем. Zend, Ioncube и т.д. — это больше защита от дураков.
В виду особенности реализации такие языки как .net, Java, JS невозможно защитить, т.к. они выполняются не напрямую процессором а в виртуальной машине.
Как вариант — обусифицировать код до нельзя. Тем самым вы сделаете его практически не читаемым, тяжело изменяемым, но абсолютно рабочим.
А по хорошему — если боитесь за свою уникальную разработку… и она по истине является уникальной и такой востребованной — ее продавать надо по принципу SaaS