Спасибо Refguser . Он подсказал, что дело не в javascript, а в поведении браузера. Он открывает локальные файлы в новой вкладке.
Задал новый вопрос в соответствии с правилами:
Как настроить Firefox (или другой браузер), чтобы он открывал файлы в активной вкладке?

Спасибо Довольный Айтишникъ за подсказку с очисткой regcleaner.

(1) Удалил PKI Client. Удалил папку "C:\Program Files (x86)\InfoTeCS\ViPNet CSP".

(2) Удалил все службы, которые относились к Vipnet CSP и зачистил все упоминания о нем при помощи утилиты regcleaner.

(3) снова установил PKI Client.

(4) Потом удалил и зачистил Crypto Pro при помощи их фирменной утилиты cspclean.exe. Установил CryptoPro заново.
Пункт (4), я думаю, не обязателен.