Питание на процессор подается только после очень сложного многоступенчатого процесса проверки, поэтому ничего с ним не случится.
Но, возможна ситуация, когда контакт программатора слетел и подал питание не туда, в этом случае существует вероятность что-нибудь сломать, и не только процессор но и какой-либо другой чип на плате (там есть компоненты с требованиям к питанию 3v).