Вот примерно такое и хотел описать, но автор вопроса утверждает, что вопрос про хранение данных на флешке, а не оперативную память, и это очень странно.
Rampage1410, нет, программа делает то, что в неё залодил разработчик. Поэтому она никак не может догадаться прочесть настройки из другой ветки реестра.