Sergey

grep+sed/awk/cut на выбор по вкусу.

Даже платная сертификация в большинстве своем сомнительна с точки зрения полезности, а уж бесплатные бумажки уж точно ничего не стоят и не значат.
Поэтому рекомендую не углубляться в эту тему, либо проходить курсы/сдавать экзамены за счет работодателя. У меня десятка три разных платных сертификатов, стоимостью (попытки сдачи) от $100 до $650. За свой счет я бы ни за что этого не стал делать (почти все эти бумажки - реально просто бумажки), а за чужой - почему бы нет? Эдакое упражнение для поддержания в тонусе мозга, пока готовишься к тестам - тренируешь память и навык прохождения тестов.

В таких ситуациях мне приходит в голову старая добрая аналогия с ключевыми словами "гамак" "коитус" "вертикальное положение".
Можно использовать терминалку с виндой, как вариант, но прощай мобильность "в самолете покодил, в деревне покодил после баньки".

Бесплатная версия splunk, если уложитесь в лимит 500 мегабайт логов в день.
Ну а так из opensource - logstash + elasticsearch+kibana или graylog + elasticsearch
Еще у HP есть продукт ArcSight Logger, бесплатен до 750Мб/сутки.

Я обычно пользуюсь скриптом от serverbear.com (там несколько тестов + unixbench), но он немного для других задач - сравнить качество тарифов и хостинг-провайдеров. Ну и он требует, чтобы был интернет.
А так да, тоже не отказался бы узнать про какой-нибудь простой и универсальный бенчмарк, а пока обхожусь солянкой из dd, ioping, sysbench, unixbench и прочих, по необходимости. Иногда приходится и монстров типа phoronix использовать.

Линукс сам по себе старается максимально эффективно использовать всю доступную память и не нужно бояться, что показывает, что занято 98%, например. Нужно смотреть, подо что именно она занята, может это дисковый кеш.
Если занята именно процессами апача, мускула и nginx, то надо смотреть конфиги и оптимизировать их под конкретный сервер и конкретные задачи/нагрузки.
Отдать побольше памяти для mysql - тоже правильно, чем больше таблиц размещается в RAM, тем быстрее работает база. Но, естественно, при этом надо не забывать оставить памяти для остальных сервисов.

Если хочется именно убунту (из-за ppe или еще из-за чего), то ждать 14.04 LTE. А в процессе ожидания терпеть мелкие баги 13.10 или грустить о свежатине на стабильной 12.04.

Когда-то для таких целей (анализ и визуализация сети) были популярны Friendly Pinger и OCS Inventory. Сейчас проекты заброшены.
Но есть и "живые" аналоги, если поискать, например Net Viewer или LanState, уверен, что можно найти еще.

Для мониторинга же применяются немного другие инструменты, собственно, различные системы мониторинга, к которым относится и nagios.

Очень похоже на спуфленные запросы. Проверить довольно непросто, на самом деле. Если смена сервера не помогла и эти запросы не кушают много ресурсов, то можно просто игнорировать, ведь по умолчанию такие пакеты отбрасываются.

А какой в этом смысл? Само по себе использование алогоритма ГОСТ не делает решение пригодным к использованию с точки зрения законодательства. Необходимо получать сертификат на корректность встраивания, иначе решение нельзя использовать для защиты классифицированных систем.
Или это просто упражнение для развлечения?

Если речь про WEB-трафик, то задача решается при помощи заголовков x-forwarded-for или x-real-ip.

Использую tartarus (с предварительным бекапом баз) для бекапа хецнеровского дедика на хецнеровский же бекап-сервер. Размер (сжатого) бекапа — более 55Гб, инкремент — 3-5Гб. Очень быстро отрабатывает.

Тут вопрос в целесообразности.
Ну удастся найти бота по поведению (например, запрашивает станицы слишком часто), что с ним делать дальше? Банить? Гиблое дело. Ботовод сменит айпишник и тактику.
По возможности, расставляй ненавязчивый копирайт на картинки и прочее, но это тоже полумера, да еще и не очень нравится пользователям.

Простой https не годится, нужен с ГОСТовым шифрованием. Например Trusted TLS.

у nginx есть функционал SMTP-прокси.

Дык какой же это троян. Тогда и TeamViewer тоже троян.

Вопрос как-то некорректно задан. Какие задачи сервер выполняет-то? Какие риски?
Можно и вообще без фаервола обойтись в некоторых случаях, если уж на то пошло, достаточно просто не «светить» лишними портами наружу, правильно настраивая директиву listen в конфигах служб/сервисов.