Вы должны платить налоги с суммы, которую заработали на Upwork. В понятие заработали, входит сумма без вычета их процентов. Т.е. налог с их "доли" тоже должны платить ВЫ.
Это дейсвует из того факта, что вы работаете по агентской оферте с биржой. Т.о. все деньги которые вы заработали на бирже - они ваши, а потом биржа с ваших денег вычитает процент и переводит оставшееся вам.
Это по закону нашему такое. Ну а если по понятиям платить налоги, то платите с суммы которая пришла на счет.