Если права на файл не go-rwx
go-rwx, эта запись означает "отнять rwx у g и o". Разрешения могут быть u=rw,go=. Получить их можно например так: stat -c %A /etc/shadow, а проверить условие -- командой test, например: if [ `stat -c %A /etc/shadow` != "-rw-------" ], или командой grep, например: if ! stat -c %A /etc/shadow | grep -q '^....------$'chmod go-rwx /etc/shadow. 
# Auto-repair all databases before backuping all accounts
mysqlrepair --all-databases --check --auto-repair > /dev/null 2>&1
Вопрос кажется простым, но таки он более глубокий.По фрагменту скрипта из вашего вопроса мгновенно нагугливается аналогичный вопрос (с решением в конце).
header('Location: https://www.МОЙСАЙТ.ru'.$linkings);