list($PRODUCT_ID, $STORE_ID) = array(53914, 5);
// класс для работы со остатками товара на складах. Не путать с CCatalogStore
$rsStore = CCatalogStoreProduct::GetList(
[],
[
"PRODUCT_ID" => $PRODUCT_ID,
"STORE_ID" => $STORE_ID,
],
false,
false,
[]
);
$arStore = $rsStore->Fetch();
$res = CCatalogStoreProduct::Update(
$arStore['ID'],
[
"PRODUCT_ID" => $PRODUCT_ID,
"STORE_ID" => $STORE_ID,
"AMOUNT" => 0,
]
);