Azazel PW

При чем здесь windos 2008 R2 ?
Вы хотите маршрутизацию, так и делайте её на маршрутизаторе/роутере, оставьте бедный виндос впокое.

innodb_force не вариант для работы, только чтобы достать какие то нужные данные.
Бекапы есть? Если нет, пробуй восстанавливать индексы и таблицы.

netstat -tnlp есть ли рабочий порт?
mysql -uroot -pПАРОЛЬ заходит в БД?

1. VPN это своя отдельная сеть. Например 10.0.0.0/24
2. Маршрутизация двух сетей C класса. Сети должны быть разными.
На первом Роутере 3 маршрутизации.
192.168.0.0/24 Локальная маршрутизация, внутри сети. Gateway 192.168.0.1 (Интерфейс локальный LAN)
192.168.1.0/24 Это удаленная сеть по VPN. Gateway 10.0.0.1(Интерфейс ВПН)
0.0.0.0/0 Это глобальная сеть, читай как интернет. Gateway предоставлен провайдером. (Интерфейс глобальный WAN)
На втором Роутере 3 маршрутизации.
192.168.1.0/24 Локальная маршрутизация, внутри сети. Gateway 192.168.0.1 (Интерфейс локальный LAN)
192.168.0.0/24 Это удаленная сеть по VPN. Gateway 10.0.0.2(Интерфейс ВПН)
0.0.0.0/0 Это глобальная сеть, читай как интернет. Gateway предоставлен провайдером. (Интерфейс глобальный WAN)

Обьясню на пальцах как сделать маршрутизацию, для эникея.
На шлюз 192.168.0.1 идет запрос с компьютера 192.168.0.10. запрос идет на компьютер другой сети 192.168.1.20
Запрос приходит на Роутер, Роутер сверяет его со своей таблицей маршрутизации. Видит что 192.168.1.20 находится за Gateway 10.0.0.1 и отправляет запрос через этот Gateway. на второй Роутер 10.0.0.2.
Запрос на втором Роутере пересылает запрос в соответствии со своей таблицей маршрутизации 192.168.1.0/24 и вот наш запрос доходит до компьютера 192.168.1.20.

Вот так наш запрос пропутешествовал с одной сети в другую и достиг своего пункта назначения.

site1.conf

DocumentRoot "/var/www/site1"
ServerName site1.local
ServerAlias site1.local

AllowOverride All
RewriteEngine On
Options Indexes FollowSymlinks

ErrorLog /var/www/site1-error.log
LogLevel warn

site2.conf

DocumentRoot "/var/www/site2"
ServerName site2.local
ServerAlias site2.local

AllowOverride All
RewriteEngine On
Options Indexes FollowSymlinks

ErrorLog /var/www/site2-error.log
LogLevel warn

Я бы вам посоветовал не вкладываться в полноценный сервер.
Во первых это экономически невыгодно.
Вам нужно будет платить за электроэнергию, за интернет каналы(резервирование) за железяку. Это все обходится в хорошую сумму.

Возьмите себе VPS со средними характеристиками и оплатой по 1000 рублей в месяц.
Хостинг возьмет на себя обязательства по отказоустойчивости и резервированию каналов.

12 тыс за год, дешевле чем 50-100 тыс за сервер+плата за интернет+за электричество.
Пока это все будет у вас на стадии разработки и продвижения вы не получите много трафика. Поэтому в первые полгода - год VPS вас спасет.

Когда вы поймете, что пошел ваш сайт начал набирать обороты и ваш сервер не справляется, у вас появится 2 пути решения.
1. Поставить VPS подороже.
2. Приобрести собственный сервер.

По софту, я бы советовал вам под такие объемы базы выбрать более серьезное решение. К примеру обратите внимание на PostgreSQL, если это объем базы 50Гб у вас указан.
Если база будет маленькой то ставьте MySQL, всегда все можно мигрировать на более серьезные решения.

В идеале все таки поместить на виртуалку,
Как пример построения системы.
Делаем саму систему и скрипты нужным объемом, 20-40Гб хранилище.
Логи и всю динамическую часть системы выносим в отдельное хранилище, в идеале iSCSI.
Раз в неделю или после кардинальных изменений делаем полный бекап контейнера на резервный сервер с виртуальными машинами.
В случае отказа основной, этот контейнер запускаем на резерве. Этот процесс так же можно автоматизировать.

Использую Zabbix.
В дефолте этой настройки нет.
Нужно ручками прописывать, я сделал давно по кривому, диски указывал вручную, лень переписывать. :)
В конфиге агента пишем.
UserParameter=custom.rse.sda,smartctl --all /dev/sda | grep Reallocated_Sector |awk '{print $10}'
UserParameter=custom.ree.sda,smartctl --all /dev/sda | grep Reallocated_Eve |awk '{print $10}'
UserParameter=custom.cpe.sda,smartctl --all /dev/sda | grep Current_Pen |awk '{print $10}'
UserParameter=custom.ue.sda,smartctl --all /dev/sda | grep Uncorrect |awk '{print $10}'
UserParameter=custom.udmae.sda,smartctl --all /dev/sda | grep UDMA |awk '{print $10}'
UserParameter=custom.temphdd.sda,smartctl --all /dev/sda | grep Temp |awk '{print $10}'

На сервере делаем вызов
custom.rse.sda и т.д. и т.п

А зачем заббикс к этому привлекать?

Вы же можете настроить скрипт на серваке, который будет проверять наличие файлов, и при отсутствии сделать уведомление на почту.

Эникеить, считай что это обязанности младшего системного администратора или помошника администратора, в любой более менее маленькой компании тебя научат. Главное не бойся, от тебя никто не будет ждать супер результат в первые дни.
Даже наученые эникеи когда с одной работы на другую переходят испытывают проблемы вливания в бизнес процесс новой организации. Тебе дадут испытательный срок. В это время ты будешь учится, смотреть какие процессы на тебе завязаны. Опять же повторюсь не суетись, а вникай в процесс, как и что устроенно в компании.
Если ты за испытательный срок понял что устроился в шарашку, то лучше сразу бежать.
Бюджет ты будешь месяцами выбивать. А потом в поте лица бегать менять сгоревшее оборудование.
Нулевой уровень планирования.

В идеале над тобой должен стоять админ, но тебе может повезти при устройстве и админ ушел. Дела не передал. Разгребать все тебе. Если с головой все в порядке, за полгода-год. Ты наладишь всю структуру так как она должна быть.

linux+zabbix
в дефолте мониторит
CPU
RAM
Network все интерфейсы, загрузку
место на дисках.
Можно допилить плюшку со смартами.

Линуксоидам сложней искать работу чем, виндузятникам :)
Ищи вакансии по своему направлению. Техническая поддержка и эникейство это пустая трата времени.
Когда ты войдешь полностью в админство серверов, ты не будешь бегать, картриджи менять.

Если вакансий совсем 0, или не берут.
Поузнавай у знакомых есть ли мелкие фирмы которым админ нужен.
Попробуй применить знания там. Не обязательно сразу гнатся за высоким доходом.
Сначало ты работаешь на репутацию, потом репутация работает на тебя.

7 человек это уже много.
Переведите 1С на SQL будет полегче.
Советую сделать на Centos 6.6 + PostgreSQL.
Придется заморочится и почитать про настройку Postgresql.
Тормоза у вас из за блокировок.

Если роутер линуксовый.
Прочитайте про stunnel авторизация по сертификату будет.
Если нет, настраивайте OpenVPN сервер, с сертификатами и будет счастье.

Но даже так в идеале, я в открытую сервис не выставляю, а доступ к нему есть только с определенных доверенных IP.

*/15 * * * * php /home/user/test/cron.php > /dev/null 2>&1
15 * * * * это каждый час, в 15 минут.

Как вы создавали пользователя?
Скорее всего вы его внесли в группу админов и не удивительно что у него есть права.
Владелец файлов меняется командой
chown
Права на файлы меняются командой
chmod

Вы хотябы опишите задачи которые для вас простые.
А то можно и кота в мешке взять.
У Linux админов много специализаций:
Web
Сети
БД
Телефония