Azazel PW

netstat -tnlp
Запущен postgresql?
если нет, запустите
/etc/init.d/postgresql start

Если не запускается есть лог
cat /var/lib/postgresql/pgstartup.log

Что значит 5 линий?
5 входящих линий? 5 клиентов?

Берите любое железо в котором вы уверенны по надежности.
Делайте софтовый рейд.
И так как на дворе 2015-2016 год.
То советую это сделать в виртуалке.

Потому что вы даже не прочитали что там написано

# "local" is for Unix domain socket connections only
local   all             all                                     trust

Тут вы разрешили всем из внешней сети доступ

# IPv4 local connections:
host    all             all             127.0.0.1/32            md5

Тут вы поставили md5 от localhosta IPv4

# IPv6 local connections:
host    all             all             ::1/128                 md5
Тут вы поставили md5 от localhosta IPv6

А правильно это выглядит так

# "local" is for Unix domain socket connections only
local   all             all                                     password
# IPv4 local connections:
host    all             all             127.0.0.1/32            trust
# IPv6 local connections:
host    all             all             ::1/128                 trust

psql -U postgres -c "ALTER USER postgres PASSWORD 'ПАРОЛЬ"

iptables + crontab

Прироста производительности не будет.
На производительность повлиет увеличение частоты работы памяти. увеличение частоты процессора, увеличения кол-ва IOPS для Жесткого диска(замена на ssd)
Увеличение ОЗУ повлияет на кол-во активных рабочих приложений которые могут работать одновременно.
Вы сможете себе позволить больше вкладок в Google Chrome )))))

Я бы вам посоветовал не вкладываться в полноценный сервер.
Во первых это экономически невыгодно.
Вам нужно будет платить за электроэнергию, за интернет каналы(резервирование) за железяку. Это все обходится в хорошую сумму.

Возьмите себе VPS со средними характеристиками и оплатой по 1000 рублей в месяц.
Хостинг возьмет на себя обязательства по отказоустойчивости и резервированию каналов.

12 тыс за год, дешевле чем 50-100 тыс за сервер+плата за интернет+за электричество.
Пока это все будет у вас на стадии разработки и продвижения вы не получите много трафика. Поэтому в первые полгода - год VPS вас спасет.

Когда вы поймете, что пошел ваш сайт начал набирать обороты и ваш сервер не справляется, у вас появится 2 пути решения.
1. Поставить VPS подороже.
2. Приобрести собственный сервер.

По софту, я бы советовал вам под такие объемы базы выбрать более серьезное решение. К примеру обратите внимание на PostgreSQL, если это объем базы 50Гб у вас указан.
Если база будет маленькой то ставьте MySQL, всегда все можно мигрировать на более серьезные решения.

Отталкивайтесь от задачи.
Мы живем в мире окруженном цифрами.
Ответьте для себя на пару вопросов.
1. Какая пиковая загрузка сервера/компа?
2. Средняя загрузка сервера/компа?
3. Как часто идет пиковая загрузка?
4. Является ли файловая система узким местом в моей системе?

Вопрос про узкое место системы ставьте себе при любом проектировании сервера.

PostgreSQL
postgresql.leopard.in.ua

Позволь я загуглю за тебя на самых популярных ресурсах по GNU/Linux :)
Для общего образования советую прочитать, понять и простить :)

kcore  Этот файл отображает физическую память системы и 
              записывается в формате файла core.  С помощью этого 
              псевдо-файла и ядра, из которого не убраны таблицы 
              символов (/usr/src/linux/tools/zSystem), можно 
              использовать GDB для проверки текущего состояния 
              любых структур ядра.

              Полная длина этого файла - это размер физической 
              памяти (RAM) плюс 4KB.
(c) LOR

kcore
Этот файл отображает физическую память системы и записывается в ELF формате 
файла core. С помощью этого псевдо-файла и ядра, из которого не убраны таблицы
 символов (/usr/src/linux/vmlinux), можно использовать GDB для проверки текущего 
состояния любых структур ядра.

Полная длина этого файла - это размер физической памяти (RAM) плюс 4KB
(c) opennet

VNC

Если я правильно вашу схему понимаю, то примерно так.
iptables -t nat -A POSTROUTING -s 15.0.0.0/24 -d 111.222.5.6 -o eth0 --jump SNAT --to-source 192.168.0.1
Трафик пришедший с туннеля 15.0.0.0/24 и идущий по адресу 111.222.5.6 мы передаем через gw 192.168.0.1

Для перенаправления трафика с внутренней сети во внешнюю
iptables -t nat -A POSTROUTING -s destanation_ip -o interface_eth --jump SNAT --to-source ip_gw
Для перенаправления с внешней сети на внутренню
iptables -t nat -A PREROUTING -p protocol_tcp(udp) -d ip_gw --dport порт на который принимаем трафик --jump DNAT --to-destination ip_внутренний:порт_на_который отправляем_трафик.

Что в вашем понимании нагрузка на оперативку?
То что сайт кешируется это не нагрузка.
Напишите вывод команды
free -m
Если будет cached большим объемом то ничего страшного.
можете написать скрипт на сброс кеша, если вас это напрягает
sync ; echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

Если по простому,
Что у вас делает модуль json понятия не имею, поэтому возможно там криво.

#!/bin/bash

read -p "сменить файл конфигурации? (y/n)" answer
if [ $answer = "y" ];
then
        read -p "сменить хост? (y/n):"  dohost
        echo $dohost
        if [ "$dohost"  = "y" ];
        then
                read -p "укажите новый хост : " host
                echo $host
        else
                host = "champ"
                echo $host
        fi 
       read -p "сменить порт? (y/n):"  doport
      if [ "$doport"  = "y" ]; then
                read -p "укажите новый порт : "  port
                echo $port
        else
                port = "8001"
                echo $port
        fi 

   touch myjson.json
        cat <<-EOF >> myjson.json
        {
        "host" : "$host",
        "port" : "$port"
        }
        EOF

    else
        echo "No"

fi

touch demo.sh
chmod +x demo.sh
echo "#
!/bin/bash
mono DemoApp.exe
" > demo.sh

В том месте где вы его создадите появится скрипт который будет фактически ярлыком.

Какой инструмент дать пользователям?
Например:
Сделать обменик с веб интерфейсом
К примеру
sourceforge.net/projects/phpfilesadmin
Простой скрипт на PHP без MySQL
Какой инструмент дать самому себе?
Поставить систему мониторинга серверов Zabbix
Мониторить можно не только состояние серверов, но и состояние пользовательских компьютеров.

Если это 80 порт, то можно сделать через squid
ACL листы и delay pools

Как вы себе это представляете? )
Апач веб сервер который отдает код браузеру по порту.
Ваш код исполняется на компьютере пользователя.

Реально
делаешь несколько конфигураций
VirtualHost *:80>
DocumentRoot "/var/www/demo.example.com"
ServerName test1.example.com
ServerAlias test1.example.com
Directory "/var/www/demo.example.com">
AllowOverride All
RewriteEngine On
Options Indexes FollowSymlinks
/Directory>
ErrorLog /var/www/site-error.log
LogLevel warn
/VirtualHost>
создаешь новый файл конфигурации
VirtualHost *:80>
DocumentRoot "/var/www/demo.example.com"
ServerName test2.example.com
ServerAlias test2.example.com
Directory "/var/www/demo.example.com">
AllowOverride All
RewriteEngine On
Options Indexes FollowSymlinks
/Directory>
ErrorLog /var/www/site-error.log
LogLevel warn
/VirtualHost>

Тостер не дает правильно написать, надеюсь ты поймешь что нужно < поставить в некоторых местах