Как выводите списки ссылок? Cниппеты getResources, pdoResources, getImagesList(MIGX) имеют в составе модификатор [[+idx]], обычно им удобно пользоваться, он сообщает порядковый номер и дает нужную "уникальность". Например, так:
<a href="[[+uri]]#anchor_[[+idx]]">anchor # [[+idx]]</a>
Ну и в якоре соответственно укажите.