На сайте после оплаты заказа
- это смена статуса заказа, смотрите "Сохранение заказа: особые события"
https://dev.1c-bitrix.ru/api_d7/bitrix/sale/events...
Перехватываете после смены статуса - OnSaleStatusOrderChange
Код при смене статуса
Как выполнить код по событию «смена статуса заказа» в битрикс?
// получаем свойства заказа
$arOrder = CSaleOrder::GetByID();
// получаем свойства пользователя
$arOrder['USER'] = CUser::GetByID($arOrder['USER_ID'])->Fetch();
через событие OnOrderNewSendEmail отменить отправку письма о заказе, обработчик события OnOrderNewSendEmail должен вернуть false иначе письмо будет отправляться. Или в своем коде вызвать метод \Bitrix\Sale\Notify::setNotifyDisable(true); , тогда будет отключена отправка системного письмо о добавлении заказа. Также есть событие OnBeforeEventAdd, в его обработчике нужно так же вернуть false.