Эта задача называется группировка элементов в массиве по разделу. В битрикс экзамене №2 есть такая задача в билетах. В компоненте news.list например, в файле
result_modifier.php обрабатываете данные и формируете свой результирующий массив:
1. Вытаскивате разделы
2. Вытаскиваем элементы
3. Делаем группировку элементов по разделу. Формируем свой ключ в котором строим связи раздел - элементы, при этом сохраняем сортировку элементов
4. В шаблоне компонента вёрсткой формируете вывод в нужном виде.