Рекомендую использовать bootstrap sass. В файле _bootstrap.scss вы сможете закомментировать ненужные элементы и в скомпилированном файле получите только сетку grid. Когда вам понадобятся другие элементы, вы их просто раскомментируете и нужные элементы появятся в выходном файле. Про установку bootstrap sass.
Вносить изменения в файлы bootstrap крайне не рекомендуется. Используя sass вы можете вносить изменения в стили bootstrap через переменные, создав отдельный файл. Таким образом вы не трогаете ядро.

если еще актуально, написал статью Установка Compass