Serge Sergio: Я бы сделал:
домен.ру/каталог/товар
домен.ру/каталог/фабрика/
домен.ру/каталог/фабрика/коллекция/
Если нужно будет для расширения семантики создавать новые разделы, например:
домен.ру/каталог/зеленого-цвета/
домен.ру/каталог/красного-цвета/
то вариант домен.ру/каталог/товар самый удобный
Ну и вобще чем меньше уровень вложенности, тем лучше.
Для примера могу еще привести сайт www.ocenim33.ru, города тоже разложены по папкам, по ip определяется город посетителя и скрипт перебрасывает в папку с его городом, проект сильно не качался, но рост по регионам есть, и контент во всех городах одинаковый
"В яндекс вебмастере Вы привяжете только 1 город" - поддомен для яндекса отдельный сайт, ему можно задать свой регион, именно поэтому создают поддомены для разных городов. Но тут возникает проблема с дублированием контента и с тем, что это отдельный сайт с нулевым весом, как следствие, все поддомены надо качать отдельно. Можно разместить отдельные города в подпапках. Вот вполне успешный пример центрконсалт.рф, разложили города по папкам, при этом контент везде одинаковый, только заменили название города.