У вас как раз всё содержимое, которое вы хотите поменять, внутри <main>, а значит шаблон сайта тут вообще ни при чём. Откройте /index.php и смотрите, что там подключается.
Вы спросили "как правильно написать регулярку которая будет учитывать переносы строк". Я ответил. То, что вы не привели пример кода - исключительно ваша вина.
Datepicker вполне может быть умным и игнорировать нередактируемые инпуты. А DOM может вообще не записывать значения в такие узлы. В общем, надо тестировать.
Приложите демо или картинку, чтобы было понятно о чём речь вообще.
И неплохо было бы указать, что вы уже попробовали, чтобы отвечающим не нужно было повторять ваши шаги.
Никакого "ручного тестирования" не нужно. Если у вас есть маленькие объекты с чётко определёнными обязанностями, вы легко можете в голове продумать все пути исполнения.
Я считаю, что заморачиваться не нужно: покрывайте тестами все кейсы, которые придут в голову, а если что-то забыли - потом добавите.
Вот код, который выводит содержимое страницы в шаблон:
У вас как раз всё содержимое, которое вы хотите поменять, внутри
<main>
, а значит шаблон сайта тут вообще ни при чём. Откройте /index.php и смотрите, что там подключается.